一、部门党组与机关工委之间的关系
    根据党章和1988年中央三号文件的规定，机关工委是党的委员会的派出机构，部门党组是党的委员会批准设立在国家机关和其他非党组织中的领导机构，他们有着不同的职责任务，在机关中发挥着不同的作用，都对派出他和批准他成立的党的委员会负责，因此，二者不存在领导和被领导的关系。由于机关工委负有领导机关党的工作的责任，部门党组负有指导机关及其直属单位党组织工作的责任，他们在加强和改进机关党的建设方面又有着必然的关系，即相互尊重支持、相互协调配合。正确认识和把握部门党组与机关工委的关系很重要。只有明确了二者之间的关系，才能找准工作位置，正确履行各自的职责，做到工作到位又不越位，共同携起手来，同心同德，步调一致地抓好机关党的工作。否则，各吹各的号，各唱各的调，给机关党组织的工作带来困难，给党的建设造成损失。
    部门党组与机关工委在处理相互间的关系方面积累了不少经验，中央有关部门和一些省、自治区、直辖市在协调配合的工作内容上作出了相应规定。根据多年来的工作实践，部门党组与机关工委应主要在以下几个方面搞好协调配合：
    1、机关党组织的机构设置、人员编制和干部配备；
    2、党员领导干部民主生活会、中心学习组和干部理论培训等工作的落实；
    3、各部门领导班子和领导干部政治、思想、作风等方面情况的检查和监督；
    4、经工委审议和审批的违纪党员干部的处理；
    5、机关党委工作的检查和考核，以及其他重要问题的研究和解决。
    部门党组与机关工委要搞好协调配合，就要讲求大局、加强联系、认真协商、积极配合。部门党组和机关工委都是党的领导机构，贯彻落实上级党的委员会的部署与要求，加强和改进机关党的建设是共同的目的，要从这个大局出发坚持党性原则，努力做好协调配合工作。要密切联系，建立必要的联系制度，采取汇报会、座谈会、研讨会、个别走访等多种方式，沟通交流情况，使部门党组能够了解机关党建工作的全局，机关工委能够了解该部门的实际，为相互支持和协调配合奠定基础。部门党组与机关工委在决定机关党建工作的许多问题上需要认真协商，征求对方意见，特别是在机关党委、纪委机构的设置、书记和专职副书记的人选及其职级，专职党务干部的配备人数，以及对违纪党员干部如何处理等问题上，更要认真协商，取得一致意见。在相互协调配合的问题上，部门党组和机关工委都应该采取积极主动的态度。由于机关工委和部门党组工作的对象范围不同，工委从宏观规划安排党的工作比较多，当党组了解到工委的工作部署以后，就要配合做好工作，支持机关党组织认真落实。党组指导本部门机关党组织的工作比较直接，结合本部门工作的特点比较紧密，工委也要大力支持，善于总结推广他们好的做法和经验。
    二、机关党组织应正确处理领导与指导的关系机关党组织面对的是机关工委的领导和部门党组的指导双重关系，正确处理好领导与指导的关系，对于做好机关党的工作极为重要。
    首先，机关党组织应分清领导与指导。根据党的组织制度，机关工委与所辖机关各部门党组织构成了上下级领导关系，具有党章规定的上级党组织对下级党组织进行领导、管理、审批等项职责权力。部门党组与机关党组织是指导与被指导的关系，党组的指导是具有领导责任的指导。机关党组织应严格按照党的组织原则办事，尊重和接受工委的领导和党组的指导。在现实中存在着不能正确处理领导与指导关系的现象，有的只重视党组的指导，不尊重工委的领导，甚至把工委的领导看成了可有可无，有的对党组的指导重视不够，执行不力。这些认识和做法都是不正确的。
    第二，机关党组织要把工委领导和党组指导的精神有机结合起来贯彻落实。机关工委是对本系统多个单位党的建设负有领导责任，对机关党组织的领导，主要通过宏观规划、指导、监督、检查党的工作来实现的，这种领导往往具有间接性。部门党组与所指导的机关党组织同在一个单位，只对本单位机关党的建设负有指导责任，这种指导具有直接性。而且，工委的领导与党组的指导，目的都是为了贯彻党的路线方针政策，落实上级党委的部署和要求，加强和改进机关党的建设。因此，机关党组织应紧密结合本单位的实际，把工委的领导和党组的指导有机结合起来贯彻执行，不要把二者割裂开来甚至对立起来。
    第三，机关党组织要在领导与指导之间发挥好桥梁和纽带作用。机关工委的领导和部门党组的指导能否协调一致，除了他们之间要加强联系、加强协调配合以外，机关党组织要起到桥梁和纽带作用。要把机关工委的部署和要求及时向部门党组汇报，取得党组的重视和支持，使党组了解所在系统党建工作的全局。要把部门党组的意见和要求，及时向机关工委汇报，使工委了解一个单位党建工作的具体情况，更好地把握本系统党建工作的全局。通过机关党组织的桥梁、纽带作用，使机关工委与部门党组之间同心同德，步伐协调一致。 
    第四，形成机关工委、部门党组、机关党组织共同抓好机关党的建设的局面。《中国共产党党和国家机关基层组织工作条例》提出：“各级地方党委、机关工委和部门党组（党委）要建立机关党的工作责任制，加强对机关党的工作的领导和指导。地方党委、部门党组（党委）主要负责同志要带头做好机关党的工作。”这是提出建立责任制，带头做，就是要求形成共同抓机关党的工作的局面。共同抓既是由机关党建工作的重要地位、作用及特点所决定的，又是由党和国家机关的领导体制，组织结构所决定的。只有机关党组织、上级党组织、领导部门各负其责，各司其职，并且同心协力，互通情报，互相支持，互相监督，才能把机关党的建设不断推向前进。